Com a decisão do Flamengo de utilizar os garotos do Ninho da equipe sub-20 na disputa do Campeonato Carioca, o Rubro-Negro anunciou que está fora da atual edição da Copa São Paulo de Futebol Júnior 2020, e a Federação Paulista resolveu não substituir o clube carioca.
A participação do Mais Querido no Mundial fez com que a maior parte do elenco só pudesse se apresentar no próximo dia 22. Com isso, o início do Estadual será com uma equipe alternativa, contando com jovens da base, peças não utilizadas no profissional e Pedro Rocha, que foi contratado para a disputada da temporada.
Com a competição tendo início nos próximos dias, a Federação Paulista não quis convidar nenhum clube para ocupar a vaga deixada pelo Flamengo. Os adversários do Rubro-Negro no grupo 25 da competição terão automaticamente uma vitória por WO cada.
O clube pediu para trocar a lista pelo elenco do sub-17, mas a organização do evento negou, alegando que houve tempo para se programar em relação ao primeiro torneio de futebol do ano. O Flamengo será multado em R$ 20 mil e ainda pode ficar de fora das próximas cinco edições da Copa São Paulo.