Em setembro de 2016, Godinho já havia sido levado coercitivamente pela Polícia Federal à depor, também durante a Operação Lava Jato. Sua forte ligação com o empresário Eike Batista fez com que Godinho se tornasse um dos principais alvos de investigação nesta nova fase da operação.
Sócio e braço-direito de Eike Batista, o vice-presidente rubro-negro é acusado de ocultar e lavar dinheiro de propinas, num grande esquema envolvendo algumas das principais empreiteiras responsáveis por obras públicas no Rio de Janeiro. Sua prisão nada tem a ver com seu trabalho desenvolvido como dirigente do Flamengo.
O empresário Eike Batista também teve seu mandato de prisão expedido, mas não foi achado em sua residência.
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