Um dos jovens formados nas categorias de base do Flamengo, Werton teve um início promissor na Europa. O ex-atacante do Flamengo marcou seu primeiro gol com a camisa do Leixões na vitória por 3 a 0 sobre o Porto B, em uma partida válida pela segunda divisão portuguesa. Além disso, o jogador conhecido como ‘Cria do Ninho’ foi agraciado com o prêmio de melhor jogador em campo.
Werton foi o principal destaque do Leixões durante a partida. O gol do jovem atleta ocorreu no final da primeira etapa, nos acréscimos. O goleiro adversário cometeu um erro, e a bola sobrou para o ex-jogador do Flamengo, que finalizou de primeira na pequena área, balançando as redes. Os outros dois gols que selaram a vitória por 3 a 0 foram anotados por Rafael Martins e Rodrigo Martins.
O Flamengo concretizou a venda de Werton ao Leixões, de Portugal, em agosto. Assim, a negociação foi realizada por 1 milhão de euros (aproximadamente R$ 5,8 milhões na cotação atual) referente a 70% dos direitos econômicos do atacante de 21 anos. Portanto, o Flamengo reteve 30% do passe do ‘Cria do Ninho’. O jogador, por sua vez, firmou um contrato de quatro temporadas com a equipe portuguesa.
Promessa das categorias de base rubro-negras, Werton fez sua estreia entre os profissionais em julho de 2021, na vitória do Flamengo sobre o Cuiabá, na Arena Pantanal. Naquela ocasião, o jovem atleta entrou em campo no final da partida, substituindo Bruno Henrique. A despedida do atacante ocorreu diante do Fortaleza, na 16ª rodada do Campeonato Brasileiro.

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